Olivia Dunham e John Scott são agentes do FBI e acabam de se deparar com um caso especial: um acidente aéreo na cidade de Boston. Durante a investigação do caso o John tem sua vida por um fio. Olivia Dunham procura ajuda urgentemente para salvar seu parceiro. Assim, conhece Dr. Walter Bishop, um médico que tem várias peculiaridades, tanto que ficou internado em uma clínica psiquiátrica por 17 anos de sua vida. O único modo de discutir com o doutor é pedir ajuda a seu filho Peter Bishop. Ao desenrolar da investigação a equipe percebe que a queda do avião é apenas a ponta do iceberg que cerca toda a verdade sobre o drama.